La alta lluviosidad del departamento (una de las más altas del mundo), hace difícil la agricultura y, sin embargo, esta se realiza con cultivos de plátano, maíz, arroz, cacao y coco.

La explotación minera, donde gran parte de estas actividades se hacen en el litoral de San Juan, en el municipio donde se da mayor la explotación de metales es en el municipio de Condoto que es la capital mundial del platino. Gran parte de la explotación minera, en particular de oro, se realiza de manera ilegal, que termina siendo fuente de financiación para los grupos guerrilleros (FARC y ELN) y las bandas criminales.